140 años atrás, al final de la Dinastía Edo. Había un samurai que era conocido como Hitokiri Battosai, en las afueras de Kyoto. Él era el mejor samurai, ayudo a establecer la nueva Dinastía, Mejí. Al final de la guerra, el desapareció súbitamente. Nadie sabia a donde fue. Pero en los corazones de la gente, su nombre era considerado una leyenda. Kenshin era un miembro de el movimiento revolucionario Ishin Shishi, que buscaba abrir a Japón a la influencia de occidente. El mato a muchos para cumplir su meta. Al final de la revolución, el se vuelve un Rurouni, un vagabundo, viajando por todo Japón como Kenshin Himura, prometiéndose no matar nunca mas. Así es como la historia comienza en Tokio, en el 11avo año de la Dinastía Meiji. Diez años después del restablecimiento de la Dinastía Meiji, un samurai llamado Kenshin Himura arribo a Tokio. El era un Rurouni, un vagabundo, viajando por todo el país. Un Sakabatto (espada de filo invertido) y una cicatriz con forma de X en su mejilla izquierda era todo lo que el cargaba. Entonces el se encuentra a una chica de 17 años de edad llamada Kaoru Kamiya. El padre de Kaoru era un maestro de la espada, el murió en la guerra civil dejándola a ella con una gran propiedad, un Dojo. Dos villanos intentaron tomar el Dojo de Kaoru, pero en el momento mas peligroso, Kenshin llega al rescate. El continua su jornada cuando Kaoru, sintiéndose agradecida, le pregunta si quiere quedarse. Kenshin cansado de una vida de vagabundo decide quedarse. Durante su estadía el hace amigos, como un joven peleador callejero llamado Sanosuke y un samurai de 10 años llamado Yahiko. En el Dojo, Kenshin, Kaoru, Yahiko y Sanosuke desarrollan una muy buena amistad. Durante la estadía de Kenshin, gente y recuerdos de el pasado lo siguen todo el tiempo. Asesinos políticos, maestros de las artes marciales, enemigos de el Bakufu, Onmitsu y oficiales de la armada del gobierno de Meiji se acercan a Kenshin por diferentes razones. Algunos buscan matarlo, otros buscan que se una al gobierno. Pero no es hasta que uno de los tres lideres de la revolución fue asesinado por un asesino llamado Makoto Sishio que Kenshin decide dejar Tokio y volver a Kyoto. La seguridad de la nación esta en riesgo y Kenshin no puede escapar del peso de su responsabilidad. Dejando a sus amigos el inicia su jornada a Kyoto. Kenshin tiene que ubicar a un maestro de espadas para conseguirse una espada nueva, además de consultar a su maestro (al cual le gusta en exceso el trago), allí es donde se esclarece que el estilo de pelea que utiliza Kenshin y su Maestro retrasa el envejecimiento, Kenshin tienen mas de 30 años y su maestro entre 50 y 60. Después de eso Kenshin enfrenta a Sishio en un largo duelo, el cual llega hasta niveles extremos.